Reasoning - MAPQ（映射质量）与-AS（比对得分）

今天看 bwa mem 的 -q 选项，非常困惑：“-q, Don’t reduce the mapping quality of split alignment of lower alignment score”。与我原来想象中 mapping quality 和 alignment score 两个东西应该相同所不同的是，我查询后发现这的确是两个不同的概念。

mapping quality (MAPQ) 是告诉你某一个 read 来自某一个基因组区域的可靠程度（可信度），而 alignment score（AS）告诉你的是这个序列与参考序列有多相似（生信图书/教程中一般说的比对算法得分就是这个），匹配的多得分就高。

如果你的 reads 完美的匹配到了多个基因组区域，那 AS 就会高但是 MAPQ 会低，如果你的 reads 有一些错配之类的，但匹配到某些位点的可信度比其他位点高，那么 AS 会低，但 MAPQ 会高。